Die Verbandsstruktur des Landesverbandes folgt einem dreistufigen Aufbau. Die einzelnen Mitgliedsschulen bilden die Basis. In insgesamt sechzehn Musikschulregionen verteilt auf vier Musikschulbezirke kommen diese auf mittlerer Ebene zusammen. Der Vorstand mit der Präsidentin bildet die Verbandsführung des Landesverbandes. Er wird von der Mitgliederversammlung auf die Dauer von drei Jahren gewählt.
Einen unverzichtbaren Bestandteil der Verbandsarbeit bilden die verschiedenen Arbeitsgruppen. In ihnen engagieren sich erfahrene Führungs- und Lehrkräfte der Mitgliedsschulen sowie gelegentlich externe Fachleute. Die Arbeitsgemeinschaften nehmen musikpädagogische, musikalisch-künstlerische und bildungsorganisatorische Schwerpunktthemen in den Blick.